يعتبر مجلس الجامعة السلطة الإدارية الأعلى داخل الجامعة ويرأسه رئيس الجامعة ا الأستاذ الدكتور محمد باقر محمد رشاد فخر الدين ويضم في عضويته مساعد رئيس الجامعة للشؤون الإدارية والمالية  ومساعد رئيس الجامعة للشؤون العلمية الأستاذ الدكتور صفاء مزهر العبيدير  وعميد كلية الطب الاستاذ المساعد عادل صاحب الميالي وعميد كلية الصيدلة الاستاذ المساعد مضر عبد المنعم  وامين مجلس الجامعة الاستاذ المساعد الدكتورة اسراء كتاب الياسري والاستاذ المتمرس صباح احمد ابو صبيح وممثل كلية الاكاديميين المدرس الدكتور علي ناجح علي العوادي

ينعقد مجلس الجامعة في اجتماع دوري لمرة واحدة في الأقل في كل شهر ولرئيس الجامعة الحق أن يدعو الى اجتماع استثنائي عند الضرورة او بناء على طلب خطي من ثلث عدد أعضاء المجلس ، ويتم نصاب المجلس بحضور أغلبية أعضائه وتتخذ القرارات والاقتراحات والتوصيات بأغلبية عدد الحاضرين وعند تساوي الأصوات يرجح الجانب الذي صوت معه رئيس المجلس