جامعة جابر بن حيان للعلوم الطبية والصيدلانية تقع في الجزء الجنوبي من مدينة النجف الأشرف، على مقربة من المناطق الصحية والخدمات الطبية التي تدعم التعليم العملي والتدريب السريري للطلاب. النجف تقع على بعد حوالي 160 كيلومترًا جنوب غرب العاصمة بغداد، وتعتبر مركزًا دينيًا هامًا لاحتضانها مرقد الإمام علي بن أبي طالب (عليه السلام).
الجامعة نفسها تقع في منطقة هادئة بعيدة قليلاً عن زحام المدينة، مما يوفر بيئة تعليمية مناسبة. موقعها القريب من المستشفيات والمراكز الصحية يوفر فرصًا للطلاب للتدريب العملي والتطبيقات الطبية. وبالإضافة إلى قربها من المؤسسات الأكاديمية الأخرى في النجف، فهي متصلة جيدًا بشبكة الطرق الرئيسة التي تسهل الوصول إليها من باقي أجزاء المدينة والمحافظات المجاورة.
.كما تحيط الجامعة بمرافق سكنية وتجارية تدعم الطلاب والزوار، وتتوفر فيها وسائل النقل العام والخدمات اللازمة.